Hygienemaßnahmen
E. cuniculi Sporen sind ausgesprochen umweltresistent und können bei Zimmertemperatur und unter günstigen Umgebungsbedingungen ca. 1 Monat außerhalb des Wirtes überleben. Bei niedrigeren Temperaturen verlängert sich die Überlebensdauer noch (bei 4°C auf 98 Tage) (Waller 1979). Auch Minustemperaturen überstehen die Sporen einige Stunden (-24°C über 24 Stunden), ohne deutlich an Infektiosität zu verlieren (Koudela et al 1999). Siedetemperaturen über fünf Minuten oder 10 Minuten im Autoklaven bei 120°C töten dagegen alle Sporen ab (Waller 1979).
Waller stellte 1979 fest, dass 9 von 11 Desinfektionsmittel in den empfohlenen Konzentrationen alle Sporen abtöteten (Waller 1979). Jordan et al. (2005) haben festgestellt, dass sowohl die beiden getesteten quaternären Ammoniumverbindungen Hitor und Roccal-D als auch kommerzielle Bleiche (1% für 30 Sek.) ebenso wie Ethanol (70% für 30 Sek.) eine gute Wirksamkeit gegen Sporen von E. cuniculi besitzen. Da diese Untersuchung bei 4°C durchgeführt wurden, ist zu erwarten, dass die geprüften Substanzen bei Zimmertemperaturen noch effektiver wirken (Jordan et al. 2005).
Die Erregerelimination in Zuchtbeständen war bisher nur durch die Einhaltung strenger Hygienestandards, regelmäßige Serumtests und die Selektion seropositiver Tiere möglich (Hartmann 2004). Um den Aufbau Encephalitozoon cuniculi-freier Bestände zu ermöglichen, fordern Ewringmann und Göbel Zuchtbestände möglichst serologisch zu überwachen (Ewringmann und Göbel 1999).